在养鸭过程中会产生大量的粪便，处理不当将会成为污染源，危害养鸭场周边的环境。因此，将鸭的粪便堆积成肥，进行无害化和资源化处理非常重要。堆肥法分为好氧型堆肥法和厌氧型堆肥法两种。经过好氧型堆积发酵后，粪便中的有害微生物被杀灭，有害污染物被分解，转化为稳定的、富含氮、磷、钾的机物肥。厌氧型堆肥法是将粪便放入密闭的坑道或类似坑道的结构中压实，使其自然发酵熟化，转变为有机肥。建议有条件的农户修建沼气池，将鸭粪便放入沼气池中，使其厌氧发酵产生沼气。沼气是十分清洁廉价的能源，沼渣是非常好的有机肥。
鸭的粪便不经过发酵处理直接作为肥料，不利于植物生长，并能降低施肥效果。
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