扁平疣的治疗方法包括中医治疗、西医治疗、外治法、口服药物、外用药、冷冻治疗、二氧化碳激光治疗、火针治疗等。
中医治疗
通过中药的辨证治疗，调整体质，进而提升免疫力，达到治疗扁平疣的目的。
西医治疗
西医的内治法主要是一些免疫调节剂，比如匹多莫德，内服的等这些药物。还有胸腺肽等口服，另外还有一些抗角化增生的维A酸类的药物，比如说异维A酸，或者阿维A等。对于那些泛发的比较顽固的这种扁平疣的治疗，有时也用这种方法处理。
外治法
中医进行较多为火针治疗，在免疫力恢复到一定水平的情况下，加上一个辅助火针的治疗，会起到比较好的一个临床疗效。那么西医的一些外治法也较多，如用0.1%的维A酸软膏或抗病毒增生的咪喹莫特等，这些药物也都有一些抗扁平疣的作用。
口服药物
可以考虑应用平阳霉素以及普鲁卡因在疣体的基底部进行注射，同时可以配合中药口服以及外洗，还可以配合冷冻、激光、温热疗法来协同治疗，提高效果。患者也可以配合口服胸腺肽之类的药物，这样可以调节自身的免疫抵抗力。
外用药
外用药也很多包括维A酸乳膏外用，还有其它的比如咪喹莫特，甚至5-氟尿嘧啶，还有鬼臼素等等，还有3%的太平洋软膏也有一定的效果。
冷冻治疗
在疣体比较大的情况下，就会建议采用液氮冷冻的治疗方式。所以在扁平疣进行冷冻治疗之后，建议避免对局部皮肤的刺激，少晒太阳，否则会增加色素沉着的概率，色素沉着颜色越深，恢复就会越慢。
二氧化碳激光治疗
如果扁平疣的疣体体积较小，此时更加倾向于采用二氧化碳激光的治疗，二氧化碳激光治疗之后，局部有皮肤出现破损，要求病人在治疗1周之内局部避水，以减少出现继发细菌感染的可能性。如果疣体面积比较大，单一疣体的体积比较大，此时就不太建议采用二氧化碳激光进行治疗，因为面积比较大的扁平疣，用二氧化碳激光进行治疗，是有可能导致局部皮肤出现瘢痕增生或者瘢痕形成。
火针治疗
中医特色的方法，比如常用的火针效果也不错。
土方法
白醋1000毫升放在玻璃杯中，将10和鸭蛋放在醋中浸泡，浸泡两周，等到蛋壳软化膨胀后取出，然后取三颗将蛋黄取出，将蛋清撑在小碗内，然后用无菌棉棒蘸着鸭蛋青涂抹患处，每天2-3次，剩下的七颗鸭蛋煮熟，每天吃一颗，两周为一疗程，大约四个疗程可以痊愈。
