鼠疫最早起源于中亚。
在历史记载中,鼠疫自然疫源地主要分布在中亚的一些草原和半荒漠地带。这里存在着鼠疫杆菌长期稳定生存的自然环境,在啮齿动物(如旱獭)群体中循环传播。当人类活动进入这些疫源地,与染病的动物接触后,就可能被感染。
古代丝绸之路贸易兴盛时期,人员和货物的往来频繁,鼠疫很可能随着商队从中亚向其他地区传播。其中,欧洲历史上影响巨大的黑死病(鼠疫的一种),被普遍认为是从中亚传入中东,再由中东传入欧洲的。当时的贸易船只、旅行者等无意间携带了感染鼠疫的老鼠或跳蚤,这些跳蚤吸食人血,从而导致鼠疫在人群中暴发。而在中国古代,也有鼠疫流行的记载,其最初的传播源头也被推测与自然疫源地的动物有关,边疆地区贸易往来或者人员的野外活动等情况,可能触发了鼠疫从动物到人的传播过程。